本作主角有两位，一个就是大家熟知的吉尔（Jill Valentine），还有一位就是保护伞U.B.C.S小队的队员卡洛斯·奥利维拉（Carlos Oliveira）。生化危机2的具体时间线是游戏时间1998年9月29日晚到30日早上，而生化3游戏时间线分上下两部分，第一部分是1998年9月28日，也就是里昂和克莱尔来浣熊市的前一天，然后吉尔因为受伤感染病毒，生化3后半部分时间线是1998年9月30日晚到10月1日早上，由玩家扮演卡洛斯为吉尔寻找解药，也就是说后半部分剧情是在里昂克莱尔离开浣熊市的当天晚上，这晚同样也是第四幸存者模式“死神”汉克从下水道逃离的时间线，所以生化2和生化3两部作品所发生的时间线是互相穿插的，只不过主角们彼此并没有遇到。
我们从老版本的生化危机2中的文档——“吉尔的日记”，可以了解早在游戏时间线一个多月以前，克里斯就打算和巴瑞一起前往欧洲去调查，为了保护妹妹克莱尔就没有告诉她所以不辞而别，而吉尔就选择留在浣熊市调查。而在生化2重制版可以找到克里斯从欧洲发往警局的信，谎称自己在度假，而实际却在秘密调查安布雷拉，所以得知哥哥在欧洲的克莱尔离开浣熊市后，就又前往欧洲寻找哥哥克里斯的下落，这就引发了《生化危机维罗妮卡》的剧情。
（“吉尔的日记”）
在生化3剧情中，同样也有一个一直追着主角的暴君——追踪者，追踪者是保护伞派来击杀剩余STARS小队成员的，因为他们是洋馆事件目击者及幸存者，而当晚浣熊市就有两名S.T.A.R.S小队成员，一位就是主角吉尔·瓦伦蒂安，还有一名布莱德·维克斯（Brad Vickers），而这个布莱德·维克斯其实就是生化1代那位因胆小抛弃S.T.A.R.S ALPHA小队的飞行员，可惜最后还是死于“追踪者”手里，而这张大家基本都见过的生化3海报上，追踪者手上抓的就是布莱德·维克斯。到目前为止当年S.T.A.R.S仅剩下四名幸存者，分别是Alpha队的吉尔、克里斯、巴瑞，以及Bravo队唯一幸存的瑞贝卡。
（抓着布莱德尸体的“追踪者”）
在生化3结局之一，开着直升机接吉尔和卡洛斯·奥利维拉的正是巴瑞，所以巴瑞把家人送到加拿大之后，因放心不下只身一人行动的吉尔，所以开着直升机赶了回来，不得不说无论是战友还是家人，巴瑞都是非常重视的。另一个结局是卡洛斯和吉尔两个人乘着直升飞机逃离浣熊市。
（结局一，巴瑞驾驶直升机带着两位主角逃离浣熊市）
（结局二，由卡洛斯驾驶直升机带吉尔逃离浣熊市）
1999年在PS1平台发售的生化危机3开头的CG动画在当时看来是相当震撼的，1996年《生化危机1》由于CG技术不成熟采用真人拍摄过场，短短三年后，卡普空就掌握了对当时来说相当成熟的CG制作技术，制作出了如此精美震撼的开头动画实在是令人难以置信，也不得不佩服卡普空当时在游戏制作技术上的发展速度。
最后顺便再提一下《生化危机：爆发》，这是2003年发售在PS2平台的外传作品，而且这部作品支持四人联机，故事开始发生在里昂到达浣熊市之前，浣熊市事件刚刚爆发的时间线，但是由于PS2机能受限，每开一次门都需要相对较长的读盘时间，不像之前几作开门动画结束就进入场景了，这部作品是真读盘，整个游戏在继承之前的玩法基础上再进行了升级，主机性能却无法让游戏体验达到最佳，可以说想法、玩法超前但主机机能跟不上，非常可惜的作品，如果也能加入到卡普空重制计划中，那就太棒了。
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